朱元璋早已怒火冲天，喝道：“真是胆大包天，欺君罔上，把他们都给我抓起来，交由刑部仔细审问。”
那计吏大喊冤枉，还要辩解，锦衣卫指挥使蒋献已经将那计吏拉了起来，同时外面冲进许多锦衣卫将在场那些户部官员和计吏全部抓了起来。
朱元璋回到宫中，稍稍收起怒气问林云祥道：“幸好林爱卿及时发现此事，这朝中出现如此大逆不道之事，朕还蒙在鼓里，数年以来，若全以空白带印文书做账，中间出现多少钱粮差额朕又哪里知道呢？”
林云祥看到皇帝为此事如此恼火，心里也十分紧张，但想那计吏的话便知计吏这样做并非存心欺君罔上，似乎另有隐情，便鼓起胆子道：“万岁暂且息怒，如果仅一人如此肯定是欺君罔上，但每个计吏每年都是如此，想必事出有因，万岁不如详细查证此事原委再作计较如何。”
朱元璋听到林云祥的话后，愤怒的将桌子上的茶杯摔在地上，大声道：“什么原因？即使有再多的原因，带印的空白文书做账也是为了方便贪污钱粮，也是欺君罔上。”朱元璋发了一会儿脾气后，稍微平静了一点儿，对林云祥道：“林爱卿莫要为这些乱臣贼子求情，不杀他们，怎对得起天下黎民百姓！”
当天下午，朱元璋便传诏众大臣来朝商议此事，朝堂之上，大发雷霆，要对涉及此事人员一律严惩不贷。
满朝文武见到龙颜大怒，无人敢言，湖广按察佥事郑士利正好奉诏来京，见满朝上下无人敢谏，冒死上谏道：“启禀万岁，空印一事自前朝以来，历来如此，自我大明建立以来也并未明令禁止空印。其二，钱粮文书所盖之印皆为骑缝之印，此类文书无法用做他用。其三，路途遥远，钱粮到京之数只有到达户部后才可知晓，若账目不平返回省府各地，势必耽误时间，先印后书实乃权益之计。我大明立国数十年，陛下以仁德治天下，空印一事涉及人员甚多，一旦重判恐怕是死伤无数啊陛下！”
朱元璋听了郑士利的话，更是怒不可遏，道：“依郑大人所言前朝一直如此行事，这些官吏这样做便是正确？若不是林爱卿无意中告知于朕，朕称帝十几年都不知晓，而且那些先印后书之事，各地纳来钱粮中间有人做手脚如何得知？好一个大胆的郑士利，身在我大明江山，却还想着前朝之事，来人，将郑士利打入大牢，听候发落。”
说完便下了一道圣旨，要求严惩所有涉及空印之人。一时间，全国13个布政使司，141个州，1013个县内所有的正印官以及空印案相关的大小官员共计五万多人全部被抓进大牢等候审判。