在主席团会议上贝利亚对东德形势做了十分精确的估计。未来的外交部长安德烈·葛罗米柯作为列席人员参加了会议，他认为贝利亚讲起话来带着一种不容置疑的冷笑口气“民主德国？它是什么货色？它甚至不能算是真正的国家——完全靠苏联军队维持着，尽管我们也称它‘德意志民主共和国’。”
“我抗议以这种态度对待友好国家。”莫洛托夫火了。其他发言者也都热烈响应莫洛托夫。葛罗米柯道，现在德国已经属于社会主义的一员，贝利亚同志，请注意你的言行！”
“言行？”贝利亚不在意的看了周围的反对者一样，就像在卢比扬卡大楼看着等待审判的人一样，“我的言行？当今世界，已经分成了两个阵营，相信各位都已经了解，我曾经提出过建议，要德意志民主共和国和联邦德国统一，这样就可以逼迫美国撤出德国本土，可以为我们在东欧的友好国家提供出来一块缓冲的地方，至于德国的地位问题，完全可以参考奥地利模式！当初你们都反对我的意见，不是么？”
“贝利亚，你的意见不切实际！”赫鲁晓夫咳嗽了一声说道，“首先，德国人挑起两次世界大战，不加限制的让他们统一其中的风险太大，而且现在就算是我们同意了，你认为美国人会同意！”
“虚伪！”贝利亚深凹进去的眼睛深深地看了众多人一眼，“那么现在呢？既然建立缓冲区的想法已经不可能实现了，苏联现在的当务之急就是马上建立一个忠实的朋友，必须让德国现在的情况稳定下来！可惜我们只有三分之一个德国，必须全力发挥出来这三分之一，要知道，这是我们手中仅有的国民素质以及科技能力能对苏联有所帮助的国家……”
“要是没有别的事情，我可以先走了么？内务部还有事情要处理！”贝利亚施施然戴上了手套，没等别人的回答就走出了会议室。
咚……
“混蛋，他以为他是谁？把自己当做斯大林了嘛？”赫鲁晓夫猛然起来将面前的狠狠摔到地上，恶狠狠地说道，“苏联不是任何人的独立王国！”
空旷的会议室落针可闻，所有人都经历过斯大林时代的大风大浪，大清洗无疑是所有人内心深处的梦魇，虽然是表面上无人提及，但所有人都知道，没人希望不受控制的内务部对他们产生威胁。
没有人说话，也无需表面上的功夫联络，只需要一个眼神，马林科夫、莫洛托夫、赫鲁晓夫他们都知道，有些事情他们已经取得了共识。
贝利亚的日子屈指可数，尽管贝利亚丝毫没有料到会有这么一天。把贝利亚搞下台的阴谋以尼基塔·赫鲁晓夫为首，在最初阶段支持他的有国防部长布尔加宁及其副手朱可夫元帅。他们保证武装力量支持他的行动。仅仅两个月，赫鲁晓夫就把接替斯大林任部长会议主席的格奥尔古·马林科夫拉到了自己一边。
从自己的一个助手谢尔盖·科鲁格洛夫那里赫鲁晓夫也得到了至关重要的支持。主席团特别会议定于6月26日召开。赫鲁晓夫兜里揣着手枪来到会场。
贝利亚落座后，懒洋洋靠在座位上，开口问道：‘哎，今天议程怎么安排的？为什么这么突然地就决定召开会议？
赫鲁晓夫的脚在桌下踩了马林科夫的脚一下，对他耳语道：‘开会，然后让我发言。’马林科夫脸色苍白，我看到他连嘴都张不开了。
于是赫鲁晓夫便站起身来说道：‘今日的日程只讨论一个问题：帝国主义代理人贝利亚的分裂行为。现建议撤消他中央委员和主席团委员职务，将其开除出党送交军事法庭。大家是否同意？”
莫洛托夫、布尔加宁等人先后发言批评贝利亚。在正式就赫鲁晓夫的提议进行表决之前，马林科夫按动了桌下的一个按钮。朱可夫率领一队全副武装的军官闯进会场，逮捕了贝利亚并把他押出了会议室。在贝利亚的提包里发现了一张纸，上面用红笔写了两个字“警报”，他曾希望用此求援。
由于担心内务部的军队营救自己的上司，朱可夫调了两个师进驻莫斯科，一个坦克师和一个摩托化步兵师，必要时能够将内务部部队的行动平息下去。几天以后内务部的官员们才被告知：贝利亚被捕了。
马林科夫在苏共中央全会上代表中央委员会主席团作了关于贝利亚“企图把苏联内务部放在苏联政府和共产党之上”，进行和反国家活动的报告。会议决定把贝利亚作为“共产党和苏维埃人民的敌人”处理，撤销他党内外一切职务，并把此案交最高法院审理。
对不少人来说贝利亚垮台的预兆首先表现在他的挂像消失了。7月初，当时14岁的戈尔季耶夫斯基正在乌克兰度假，他收到了父亲的一封来信，信上说：“昨天发生了一件不可思议的事，我们上司的画像被摘了下来。”几天以后第二封信到了：“头儿被捕了，进了班房。”
贝利亚被捕的消息是7月10日正式宣布的。赫鲁晓夫领导了政变，现在他成了领导层中的主要人物，尽管官方还称它为集体领导。9月他当上了党中央委员会第一书记。9月24日宣布，最高法院认定贝利亚和他的6名部下（他们中包括梅尔库洛夫——国家安全人民委员部过去的负责人，杰卡诺佐夫——国外局前领导）有罪，原因是他们参与旨在复辟资本主义的阴谋。
在秘密审理贝利亚的过程中最高法院被告知，在贝利亚的一